Flora 717 er født til å være renholder i den stumme, laveste klassen i den strengt hierarkiske bikuben. Men Flora er ikke som andre bier. Hun er større og mørkere enn de andre arbeiderne. Dessuten kan hun snakke. Hun er en misdannelse som truer bisamfunnet og bør renses ut. Men en prestinne skåner henne og lar henne prøve seg som amme og barnepike.
Da hun senere viser mot og styrke i kampen mot en veps som vil trenge seg inn i kuben, får hun også møte Dronningen, og føle hennes altomfattende kjærlighet. Og da Flora en dag tar spranget ut av kuben og kan fly med samlerne som henter inn sødmen fra all verdens blomster, har hun overskredet alle gitte regler. Men én lov er ukrenkelig: Bare Dronningen kan føde. "Biene" er et eventyr om overlevelse og overvinnelse, en ridderroman med bier i rollene. Flora er en liten bie med stort mot, som utfordrer kubens lov om å godta, tjene og adlyde.