Dagen før nyttårsaften 2003 dør Joan Didions mann, forfatteren John Gregory Dunne, av et hjerteinfarkt. Han faller bare om på gulvet i stuen. Og så er han død. Etter førti års ekteskap. En drøy uke tidligere har deres eneste datter, Quintana, blitt alvorlig syk. 
De magiske tankers år er Joan Didions beretning om disse to begivenhetene. Om det å leve med en stor sorg, mens man samtidig er nødt til å kjempe for sin datter. Det blir et år for magiske tanker. Hun klarer for eksempel ikke å kaste John sine sko. I tilfelle han skulle komme tilbake. Og ved sengen på sykehuset tar hun seg selv i å si til Quintana - det kommer til å gå bra, jeg er her - for hva annet har man i møte med katastrofen enn sine egne forsikringer?