"Skipper Clement er en frit fortalt tegneserie om en af de mest dramatiske og skelsættende perioder i danmarkshistorien. Bogen indeholder udførligt ekstramateriale med historisk faktastof.
Den unge forkarl Clement Andersøn drømmer i begyndelsen af 1500-tallet om at forlade fødegården i Vendsyssel for at rejse ud i verden. Det lykkes den initiativrige, unge mand at få hyre på en båd, og snart formår Clement at etablere sig som skipper og handelsmand i Ålborg. Men Hanseforbundets tyske købmænd sidder tungt på al handel i Danmark – i forståelse med adelen og den katolske kirke, der undertrykker befolkningen. Clement sætter sig for at trodse handelsmonopolet, og da rygtet om den oprørske nordjyde når kong Christian 2., bliver han som kongelig kaper dybt involveret i kongens kamp for at bryde magtprivilegierne, øge frihandelen og opbygge en mere moderne verden.
Den tyske munk Martin Luthers oprør mod pavekirkens misbrug, korruption og nepotisme i 1517 kaster yderligere ved på bålet, da opstanden breder sig til Danmark. Landet ender i en heksekedel af magtkampe, der kulminerer i regulær borgerkrig, Grevens Fejde 1534-1536, hvor den ukuelige Skipper Clements bondehær står over for adelens veludrustede tropper anført af feltherre Johan Rantzau, og som slutter med Reformationens indførelse i Danmark."